Los macroorganismos vegetales más importantes del suelo son las raíces de las propias plantas, a pesar de que son menos observadas y conocidas, y en muchos casos desarrollan un volumen superior al de la parte aérea de la misma planta. Por otro lado, es imposible separar una parte o todo el sistema radicular que evoluciona en el suelo del resto de la planta, e ignorar su integridad y fragilidad, y la manera como enraiza a través de sus sistemas especializados a diferentes profundidades del suelo. Las plantas desarrollan en todo su sistema radicular principal, para su nutrición, infinitas relaciones entre las partes vivas y los minerales, en las que se mezclan el humus y la arcilla. La raíz puede absorber los elementos nutritivos solubilizados por los microorganismos y de forma simbiótica segrega sustancias ricas en carbono para nutrir la microvida del suelo. Las raíces se enriquecen del suelo y a la vez lo enriquecen, aportándole exudaciones nutritivas y material orgánico, como aminoácidos, ácidos orgánicos, glúcidos, sales minerales, enzimas, vitaminas y hormonas.
Raíces de los árboles. Tomado de http://cjaronu.files.wordpress.com/2009/07/raices.jpg
Las raíces, además, estructuran y vivifican el suelo al captar nitrógeno, materiales orgánicos y minerales. Su acción sobre la roca madre es tanto más fuerte cuanto más pobre sea el suelo, fenómeno natural de autorregulación y sobrevivencia asociado a la evolución de las especies. La vida de la rizosfera (intestino de la planta) solubiliza con su flora intestinal lo insoluble del suelo, sea orgánico o mineral. Las raíces, que se hunden como cinceles y se distribuyen en todas las direcciones en la tierra, recuperan los minerales filtrándolos y ventilan el suelo y el subsuelo, facilitando con ello el examen del terreno a los microorganismos y a las raíces de los cultivos venideros; retienen y permiten la circulación del agua remineralizada, lo que será útil en verano, en algunos casos extrayéndola a más de cien metros de las capas profundas en los periodos secos y facilitando el desagüe en caso de exceso; participan en las transmutaciones y movilizaciones minerales naturales junto con los microorganismos del suelo; se descomponen sin problemas e incluso hay que evitar airear las demasiado, pues su descomposición prematura conduce a una degradación precoz de la estructura del suelo y a la mineralización acelerada. Por otra parte, las raíces pueden implicar el riesgo de lixiviación cuando el cultivo en el terreno no está lo suficientemente desarrollado y pueden alimentarse con todo lo que está disponible antes de la mineralización.
Biología del Suelo 
